A pannonhalmi gimnáziumot és kollégiumot 1939-ben kezdték építeni. Teleki Pál miniszterelnök és az akkori főapát, Kelemen Krizosztom "olasz" gimnáziumot szeretett volna itt indítani, amelyben nagy hangsúlyt kap az olasz nyelv és kultúra oktatása. 

 A kezdet kezdetén tízéves korukban kerültek ide a fiúk, egy osztályban huszonöten voltak, az iskolát pedig nyolcosztályosra tervezték. A magyar és a hazai bencés iskolák történetében teljesen új megoldásnak számított, hogy a gimnázium és a kollégium egybeépült. Az osztályközösség a diákotthonban is együtt maradt, egy hálóban lakott, az osztályfőnök pedig többnyire diákotthoni nevelő (prefektus) is volt.
A pannonhalmi iskolát 1948 júniusában államosították, a monostorral összekötő folyosókat lefalazták.
Az iskola mint bencés gimnázium 1950-ben indulhatott újra és egyike volt annak a nyolc katolikus gimnáziumnak, amely a kommunizmus éveiben is fennmaradhatott Magyarországon. 

A pannonhalmi olasz gimnázium létrejöttéről Pelles Tamás, volt győri bencés diák írt részletes tanulmányt, amely az Iskolakultúra c. pécsi folyóiratban jelent meg 2000-ben.

A Pannonhalmi Bencés Gimnázium igazgatói:

• Kováts Arisztid (1939-1945)
• Jámbor Mike (1945-1947)
• Hajdú Lukács (1947-1948)
• Legányi Norbert (1950-1952)
• Monsberger Ulrik (1952-1956)
• Söveges Dávid (1956-1957)
• Vályi Hugó (1957-1962)
• Monsberger Ulrik (1962-1965)
• Kapuy Vitál (1965-1973)
• Jáki Zénó (1973-1977)
• Csóka Gáspár (1977-1979)
• Korzenszky Richárd (1979-1989)
• Pintér Ambrus (1989-1994)
• Hortobágyi Cirill (1994-1996)
• Horváth Dori Tamás (1996-2006)
• Hardi Titusz (2006-2018)
• Juhász-Laczik Albin (2018-

A Pannonhalmi Bencés Gimnázium hittanárai és hittant is tanító tanárai:

(A hittanároknak (az eredeti elgondolás szerint) fontos szerepük volt iskolánk "belső" arculatának (ki)alakításában. Kezdetben az iskola hittanára nem volt prefektus: ő irányította a hitoktatást, a diákmiséket, a lelkigyakorlatokat és rekollekciókat szervezte, a napi szentmisék és egyéb közös imádságok beosztását a diákkápolnában ő készítette, bármikor be lehetett hozzá menni "belső" problémákkal.)

• Békés Gellért dr. (1940-1945)
• Kövér Alajos dr. (1939-40 és 1945-1950)
• Lébényi Szliárd (1946-1947)
• Söveges Dávid (1946-1947)
• Bajtai Oros dr. (1950 -1962)
• Horváth Patrik (1961-1964)
• Tarnay Brúnó dr. (1962-1970)
• Ruttmayer Ince (1963-1964)
• Horváth Ciprián dr. (1965-1966)
• Áment Lukács dr. (1969-70 és 1974-1997)
• Sulyok Elemér dr. (1971-
• Kiss Barnabás dr. (1978-1982)
• Nyiredy Maurus dr. (1979-1991)
• Kiss Domonkos (1985-1986)
• Janzsó Márton (1991-1998)
• Varga Mátyás (1993-1994)
• Hardi Titusz (1994-96 és 2006-
• Vásárhelyi Anzelm (1994-1996)
• Baumgartner Bernát (1995-
• Szita Bánk (1997-
• Fehérváry Jákó dr. (1997-2008)
• Pintér Ambrus (1999-2008)
• Horváth Dori Tamás (2005)
• Czakó Tibor (2001-2004)
• Juhász-Laczik Albin (2001-2003, 2008-
• Kelemen Áron (2001-2002)
• Lőrincz Krizosztom (2001-2004)
• Ontko Xavér (2002-2004)
• Bajnóczi Gábor (2005-2010)
• Dejcsics Konrád (2007-
• Rochlitz Kyra (2009-

A Pannonhalmi Bencés Gimnázium testnevelés tanárai:

(A testnevelés tanároknak főképp a diákotthoni élet (ki)egyensúlyozásában volt/van nagy szerepük, hogy a többnyire "szellemi" tevékenységet végző diákjaink mozgásigényüket rendszeresen, szervezetten kielégíthessék. Ez a testnevelési órákon túl a különböző sportfoglalkozásokat (edzéseket), kirándulásokat, (nyári és téli, hegyi és vízi) túrákat és más szabadidős tevékenységek szervezését jelenti.)

• Bálint Béla Károly (1939-1941)
• Farkas Sándor (1941-1942)
• Csergezán László (1942-1944)
• László István (1944-1947)
• Faggyas Edvin (1950-1955)
• Rozmán Tivadar (1954-1960)
• Tálos Zoltán (1960-1990)
• Török Loránd (1990-
• Erdőssy István (1994-

A Pannonhalmi Bencés Gimnázium énektanárai:

(További fontos szerepe volt/van diákotthonunk életében az énektanárnak, aki az órák megtartásán túl az énekkar, az egyházi ének, a zenehallgatás (Collegium Musicum), az ifjúsági Filharmóniai Hangversenyek és más zenei események megszervezését (és az azokra való lelkesítését) is jelenti.)

• Linzer (Lébényi) Szilárd (1939-1942)
• Szigeti Kilián dr. (1942-1980)
• Áment Lukács dr. (1974-2006)
• Tokodi Veronika (2004-2006)
• Kiss Zsolt (2006-