A rendszerváltást követő évektől a pannonhalmi gimnáziumban egy hatosztályos és egy négyosztályos oktatási rendszer működik párhuzamosan egymás mellett úgy, hogy mindkettőbe van beiskolázás.
1995-ben az iskola épületét teljesen felújították, megőrizve azt a hagyományt, hogy az osztályok nemcsak a délelőtti tanítás során, hanem a kollégiumban is együtt élnek.
A diákok az egész ország területéről, néha az országhatáron túlról is érkeznek. Továbbra is csak fiúk járnak ide, akik közül szinte mindenki a diákotthonban lakik.